‌محمدرضا باهنر از مشایی بابت اسلام ایرانی و ترویج مکتب ایرانی انتقاد کرد.

 محمدرضا باهنر در نشست خبری خود در جامعه اسلامی مهندسین با انتقاد از کسانی که گفتمان انحرافی اسلام ایرانی را مطرح می کنند گفت: کسانی که مکتب ایرانی را مطرح می کنند دارای تفکر انحرافی هستند کما اینکه تفکری که مبتنی بر اسلام ناب محمدی باشد مورد قبول است و آن را به رسمیت می شناسیم. هر تفکری خارج از آن برای ما قابل قبول نیست اگر این مساله مورد قبول قرار بگیرد فردا اسلام کرمانی ،اسلام تبریزی و... بوجود می آید.

وی افزود: هیچ کس منکر ملی گرایی و افتخارات ایرانی نیست اما این در سایه اسلام گرایی باید باشد. کما اینکه شهید مطهری در کتاب خدمات متقابل اسلام و ایران به این مساله اشاره کردند که ایران چه خدماتی برای گسترش اسلام انجام داد.